Asuna è una ragazzina che vive a Mizunofuchi, un piccolo villaggio in mezzo alle montagne. Un giorno si imbatte in un ragazzo di nome Shun, che afferma di venire da una terra misteriosa chiamata Agartha. I due instaurano subito un profondo legame, ma poco dopo il giovane sparisce ne nulla. SPinta dal desiderio di rivederlo ancora una volta, Asuna incrocerà il suo cammino con quello di Shin, un ragazzo che assomiglia in maniera impressonante a Shun, e con quello di Morisaki, un professore alla ricerca di Agartha. Il gruppo si incamminerà verso quella terra leggendaria, ognuno aggrappato ai propri desideri, in un viaggio che li aiuterà ad accettare il dolore del distacco.